Das Johannes-Althusius-Gymnasium Emden bietet seinen Schülerinnen und Schülern zahlreiche inner- und außerunterrichtliche Aktivitäten an. Diese gründen zumeist auf Ideen der engagierten Kolleginnen und Kollegen des JAG und werden mit Unterstützung der Emder Hochschule, ostfriesischen Wirtschaftsunternehmen oder von Familienangehörigen der Schülerinnen und Schüler ermöglicht.

Regelmäßiger Gast auf dem Schulhof des JAG ist das EWE-Energiemobil.

Erfolgreich bietet die JAG-Schülerfirma Filmbrise seine Dienste bei der Erstellung von Filmaufnahmen an.

In Kooperation mit dem Volkswagen Coaching Emden und der Fachhochschule Emden bietet das JAG die Formel X an. Dieses Projekt soll die Schülerinnen und Schüler für Mathematik und Naturwissenschaften begeistern.

Das JAG nimmt ferner alljährlich an den beiden Mathematik-Wettbewerben  "Mathematik-Olympiade" und "Känguru der Mathematik" teil. Ergänzend wird von den H-Kursen (Leistungskursen) ein schulinterner Mathematik-Wettbewerb angeboten.

Seit dem Schuljahr 2012/2013 organisiert das JAG für interessierte Schülerinnen und Schüler - auch für Grundschüler - etwa viermal im Jahr sogenannte Wochenendakademien. An diesen setzen sich interessierte Schülerinnen und Schüler an einem Samstag intensiv und projektartig mit einem Thema auseinander.